De dagelijkse leiding van het UKON is in handen van een Dagelijks Bestuur (DB). Het DB bestaat uit twee hoogleraren (voorzitter en vice-voorzitter), netwerkmanager en een bestuurder van de aangesloten zorgorganisaties. De bestuurders van de 19 organisaties samen komen twee keer per jaar bij elkaar om de activiteiten voor de komende beleidsperiode vast te stellen. Naast de bestuurder zijn er ook stuurgroepleden actief binnen de 19 organisaties. In elk van de samenwerkende organisaties is een multidisciplinair samengestelde UKON- of wetenschapscommissie actief. De voorzitters van deze commissies vormen de UKON-stuurgroepleden.